O Instituto Ekko Brasil foi fundado numa tarde de domingo, em Outubro de 2004, na Lagoa do Peri, Ilha de Santa Catarina, por iniciativa de um grupo de pessoas que compartilhavam a preocupação com questões ambientais e com espécies ameaçadas.
O Instituto tem como principal objetivo coordenar e/ou apoiar projetos de conservação que tenham como foco o turismo de conservação e a conservação da biodiversidade. Para tanto o Ekko conta com várias parcerias na Europa e Estado Unidos, como o Ecovolunteer Program (www.ecovolunteer.org), o Responsible Travel (https://www.responsibletravel.com), e o GoAbroad (http://www.volunteerabroad.com).
Hoje, o Instituto Ekko Brasil é qualificado como Organização da Sociedade Civil de Interesse Publico, nos termos da Lei n° 9.790, de 23 de Março de 1999, e que consta do processo MJ n° 08071.025279/2007-97, conforme despacho do Secretario Nacional de Justiça, de 30 de janeiro de 2008, publicado no Diário Oficial de 01 de fevereiro de 2008.
Vários projetos fazem parte direta e indireta do Instituto Ekko Brasil, como o Projeto Tucano, o Projeto Lontra, o Projeto Baleia Jubarte e o Projeto Onça. Estes projetos tem como objetivo principal a realização de pesquisas sobre a ecologia da espécie, de forma a promover a conservação da mesma no ambiente natural em que ela se encontra.