A Ekko Brasil Conservação e Consultoria foi fundada em 2004 para, inicialmente, administrar os projetos de conservação: Projeto Lontra e Projeto Tucano. O objetivo principal da Ekko Brasil é o da conservação da biodiversidade e da preservação de espécies ameaçadas. A auto-suficiência da Ekko é alcançada através do desenvolvimento integrado de projetos de pesquisa com o turismo científico. Consultorias na área ambiental também são desenvolvidas como forma de auxiliar na sustentabilidade da Ekko Brasil.